خور در فارسی به شاخه‌ای از دریا گفته می‌شود که به خشکی داخل شده باشد و موسی از نام ناخدای معروفی گرفته شده که این خور به نام او نامیده شده است.

 خور موسی کانال طویل و عمیقی است که از خلیج فارس منشعب شده و به دلیل ویژگیهای خاص خود در منطقه از موقعیت ممتازی برخوردار است. این منطقه با اکوسیستمی منحصر به فرد، در ساحل شمالی خلیج فارس و جنوب استان خوزستان واقع است. پهنای دهانه آن ۳۷ تا۴۰ کیلومتر و طول آن از دهانه تا بندر امام خمینی ۹۰ کیلومتر و تا بندر ماهشهر ۱۲۰ کیلومتر است.
خور موسی با متوسط عمق ۲۰ تا ۵۰ متر  که در برخی نقاط به 73 متر نیز می رسد زیستگاه بسیاری از پرندگان نادر از جمله گیلانشاه خالدار و مکان تخم ریزی بسیاری از ماهیان خلیج فارس بخصوص میگو است. ژرفای زیاد خور موسی همچنین باعث شده است تا کشتی های 70 هزار تنی نیز به سهولت در این آبراه رفت و آمد کنند.

بیش از ۱۸۱۶ نفر از مردم بومی خور موسی از ماهیگیری گذران زندگی می‌کنند. در شمال این خور بندر امام خمینی، بندر ماه‌شهر، سربندر و منطقه ویژهٔ اقتصادی پتروشیمی قرار دارد. در دهانهٔ این خور سه جزیره بونه، دارا و قبر ناخدا قرار دارد و در درونهٔ خور جزیره‌های کوچک نامسکونی زیادی وجود دارد.